Per gustare al meglio i nachos è necessario preparare una salsa. Quella più comune ha come ingrediente base il formaggio, aromatizzato a piacere a seconda della preferenza. La tipica salsa Tex-Mex ha un formaggio a pasta gialla, fuso appositamente per intingere gli snack. Chiamato "queso nachos" si tratta in realtà del tipico formaggio cheddar con cui è soliti accompagnare gli hamburger o creare il cheese-burger. Avendo un gusto deciso e forte, il cheddar potrebbe essere sostituito con un tradizionale emmental, o con l'edamer, speziato e aromatizzato a piacere.