È importante, ai fini di una corretta conservazione del pesto, utilizzare dei coperchi adeguati. I vasetti in vetro possono essere corredati da tappi in alluminio, ma è bene assicurarsi che siano perfettamente ermetici. Per chi soffre di allergie o semplicemente preferisce non utilizzare l'alluminio, è consigliabile optare per coperchi in silicone, che oltre ad essere perfetti per quanto riguarda l'igiene, sono adatti ad essere riposti nel freezer.